โรงเรียนเทศบาลวัดประทุมคณาวาส (นิพัทธ์หริณสูตร์) เปิดสอนครั้งแรกโดยเจ้าอาวาสวัดประทุมคณาวาสกับพระภิกษุ ได้ทำการสอนให้กับเด็กวัดประทุมคณาวาส กับเด็กในละแวกวัดก่อน ต่อมาเป็นที่เลื่อมใสของประชาชนในท้องที่ได้นาบุตรหลานมาฝากเข้าเรียนมากขึ้น
ปี พ.ศ.2463 ได้รับอนุญาตจากทางราชการให้ตั้งโรงเรียนประชาบาลสังกัดกระทรวง ศึกษาธิการ โดยใช้ศาลาการเปรียญวัดเป็นที่เรียน เปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 4 มีนายฉันท์ วิเศษศิริ เป็นครูใหญ่คนแรก
ปี พ.ศ.2478 ขุนนิพัทธ์หริณสูตร์ (เสียง หะรินสุต) และนางนิพัทธ์หริณสูตร์ (กิมเหลียง หะรินสุต) คหบดีชาวจังหวัดสมุทรสงคราม มีจิตศรัทธาเห็นประโยชน์ทางการศึกษาของเด็กและเยาวชน ได้บริจาคทรัพย์ 4,360.06 บาท สร้างอาคารเรียนไม้สัก 2 ชั้น แบบ ป.2 ในบริเวณวัด
ปี พ.ศ.2500 ได้รับเงินจากกระทรวงศึกษาธิการจำนวน 20,000 บาท สมทบกับเงินของประชาชนสร้างอาคารเรียน แบบ ป.1 พิเศษ ในบริเวณวัดให้ชื่ออาคารนี้ว่า ” อาคารสุนทรานุศาสน์ ” เป็นอนุสรณ์แก่ พระครูสุนทรานุศาสน์ เจ้าอาวาสวัดประทุมคณาวาส ที่เป็นผู้ดำเนินการก่อสร้าง
ปี พ.ศ. 2506 จำนวนนักเรียนมากขึ้น พระครูสังฆรักษ์ (หลวงพ่อแม) เจ้าอาวาสองค์ต่อมา ได้รื้อศาลาการเปรียญเดิมออก และได้สร้างอาคารเรียนหลังใหม่ขึ้นโดยมีประชาชนได้ช่วยบริจาคทรัพย์ ในการก่อสร้าง เป็นแบบ ป.1 ในบริเวณวัด
ปี พ.ศ.2508 รัฐบาลได้ขยายการศึกษาภาคบังคับจาก ประถมศึกษาปีที่ 4 ไปถึงชั้นประถม-ศึกษาปีที่ 7 ตามโครงการขยายการศึกษาภาคบังคับของจังหวัดสมุทรสงคราม กระทรวงศึกษาธิการ และยูนิเซฟ ได้จัดส่งอุปกรณ์การศึกษา ส่วนใหญ่เป็นเครื่องมือวิชาวิทยาศาสตร์ และเครื่องมือวิชาหัตถศึกษา พร้อมทั้งได้รับงบประมาณ 240,000 บาท ก่อสร้างอาคารเรียน แบบ 019 จำนวน 6 ห้องเรียน 1 หลัง แต่ด้วยสถานที่คับแคบนักเรียนเพิ่มมากขึ้นจึงย้ายสถานที่ก่อสร้างมาสร้างในที่ปัจจุบัน
ปี พ.ศ.2509 กระทรวงศึกษาธิการ อนุมัติงบประมาณ 120,000 บาท ให้ต่อเติมอาคารเรียน 019 อีก 4 ห้องเรียน ยังขาดอีก 6 ห้องเรียน จึงครบตามแบบ และได้งบประมาณพิเศษ 400,000 บาท ก่อสร้างอาคารเรียน 2 ชั้น แบบ 015 ไม้ จำนวน 10 ห้องเรียน อีก 1 หลัง
ปี พ.ศ.2510 กระทรวงศึกษาธิการให้งบประมาณ 12,000 บาท ก่อสร้างส้วม 5 ห้องและประชาชน บริจาคอีก 17,000 บาท ก่อสร้างส้วมอีก 10 ห้อง
ปี พ.ศ.2511 ได้โอนการศึกษาของโรงเรียนไปสังกัดเทศบาลตามมติคณะรัฐมนตรีตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน 2511
ปี พ.ศ.2515 คุณอำพล คุณลำยอง หะรินสุต บริจาคเงิน 360,000 บาท สมทบกับเงิน เทศบาล 346,000 บาท ก่อสร้างอาคารเรียน แบบ 015 (ตึก) 2 ชั้น จำนวน 12 ห้องเรียนให้ชื่ออาคารนี้ว่า ” อาคารนิพัทธ์หริณสูตร์ ” และประชาชนได้ร่วมบริจาคทรัพย์จำนวน 74,000 บาท ก่อสร้างรั้วหน้าโรงเรียนยาว 160 เมตร
ปี พ.ศ.2515 คุณอำพล คุณลำยอง หะรินสุต พร้อมด้วย คุณหญิงสงวนศรี จันทรางศุ ภริยาปลัดกระทรวงคมนาคม คุณหญิงสำเหนียง สมุทวณิชย์ ภริยาเอกอัคราชทูตประจำประเทศกัมพูชา ได้เดินทางมาเยี่ยมโรงเรียนเทศบาลวัดประทุมคณาวาส ฯ โดยมีคุณเอนก สุขภูติ นายกเทศมนตรีและ นายสมอาจ บุบผามาศ อาจารย์ใหญ่ เป็นผู้ให้การต้อนรับและได้ปรารภกับ คุณอำพล หะรินสุต ว่า อยากได้อาคารหอประชุม เมื่อคุณลำยอง กลับไป ได้มีการประชุมปรึกษากับคณะกรรมการศิษย์เก่า การเรือนพระนคร และคณะกรรมการศิษย์เก่าการเรือนพระนครได้จัดสรรเงินให้ 60,000 บาท นามาก่อสร้างอาคารหอประชุมขนาด 10 x 36 เมตร ให้ชื่ออาคารนี้ว่า ” อาคารศิษย์เก่าการเรือนพระนคร ”
ปี พ.ศ.2522 กรมการปกครอง กระทรวงมหาดไทย ได้อนุมัติงบประมาณ 2,420,000 บาท ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 418 ก.19 เป็นตึก 4 ชั้น มี 9 ห้องเรียน ใต้ถุนโปร่ง จำนวน 1 หลัง
ปี พ.ศ.2524 กรมการปกครอง กระทรวงมหาดไทย ได้อนุมัติงบประมาณ 72,000 บาท ก่อสร้างถังเก็บน้ำฝน ขนาด 2 x 3.60 เมตร จำนวน 3 ถัง
ปี พ.ศ.2534 เทศบาลเมืองสมุทรสงคราม ได้อนุมัติงบประมาณ 40,000 บาท ก่อสร้างโรง เพาะชำ ขนาด 3 x 6 เมตร จำนวน 1 หลัง
ในปีเดียวกันเทศบาลได้อนุมัติงบประมาณปรับปรุงและก่อสร้างส้วมจำนวน 11 ห้อง 1 หลัง และปรับปรุงพื้นชั้นล่างอาคาร 418 ก 19 เป็นหินขัดมันและติดตั้งตะแกรงเหล็กโดยรอบเพื่อใช้เป็นที่เรียนหรือปฏิบัติกิจกรรมพิเศษของนักเรียน
ปี พ.ศ.2535 กรมการปกครอง กระทรวงมหาดไทย ได้อนุมัติให้โรงเรียนเปิดขยายโอกาสทางการศึกษาเปิดสอนชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น มีนักเรียนรุ่นแรก จำนวน 86 คน
ปี พ.ศ.2539 กรมการปกครอง กระทรวงมหาดไทย ได้อนุมัติงบประมาณ 4,600,000 บาทเศษ ก่อสร้างอาคารเรียน คสล. แบบ ศน.สท.3/38 12 ห้องเรียน 3 ชั้น 1 หลัง แทนอาคาร 2 ที่ทรุดโทรม
ปี พ.ศ.2540 ร.ต.นุกูล ธนิกุล สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดสมุทรสงคราม ได้ช่วยประสานงานจัดสรรงบประมาณจากกรมการปกครอง กระทรวงมหาดไทย 444,400 บาท ติดตั้งห้องปฏิบัติการทางภาษา (SOUND LAP) ปรับอากาศ จำนวน 36 ที่นั่ง ให้ 1 ห้อง
ในปีเดียวกัน คุณเอนก สุขภูติ นายกสมาคมผู้ปกครองครูโรงเรียนเทศบาลวัดประทุมคณาวาส(นิพัทธ์หริณสูตร์) คุณพิมพร สุขภูติและคณะ ได้ก่อสร้างสนามบาสเก็ตบอลขนาดมาตรฐาน บริเวณหน้าอาคาร 418 ก 19 เป็นเงิน 121,252 บาท
ในปีเดียวกันนี้ พระครูอุดมสมุทรคุณ เจ้าอาวาสวัดประทุมคณาวาส ได้อนุญาตให้นาเงิน นิยภัติจำนวน 60,000 บาท นาไปปรับปรุงห้องเรียนชั้นก่อนประถมศึกษาติดตั้งเครื่องปรับอากาศพร้อมทั้งประชาชนช่วยจัดหาเครื่องปรับอากาศในการติดตั้งครั้งนี้ได้ 4 ห้อง จำนวนเครื่องปรับอากาศ 6 เครื่อง เป็นห้องเรียนปรับอากาศแล้ว 5 ห้องจากห้องเรียนทั้งหมด 6 ห้อง
ปี พ.ศ.2541 พระครูอุดมสมุทรคุณ เจ้าอาวาสวัดประทุมคณาวาส ได้อนุญาตให้นาเงิน นิยภัติ จำนวน 25,000 บาท มาจัดสร้างเสื่อนามันปูห้องเด็กก่อนประถมศึกษา พร้อมจัดซื้อเก้าอี้เด็กอีก 100 ตัว และจัดซื้ออุปกรณ์ปรับปรุงห้องอีกจำนวนหนึ่ง และติดตั้งเครื่องปรับอากาศอีกหนึ่งห้องพร้อมโทรทัศน์ ทุกห้องเรียน
ปี พ.ศ.2542 โรงเรียนได้รับงบประมาณดำเนินการปรับปรุงโรงเรียนดังนี้
1. ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สน.ศท.4/18 เป็นอาคาร คสล.4 ชั้น 18 ห้องเรียน ใต้ถุนโล่งสร้างทดแทนอาคารแบบ 019 ที่ถูกรื้อออก เริ่มสร้างเมื่อวันที่ 7 ส.ค.42 งบประมาณ 14,100,000 บาท
2. ปรับปรุงอาคารแบบ 418 ก.19 ตึก 4 ชั้น เปลี่ยนหน้าต่างจากบานไม้เป็นกระจกบานเลื่อน จำนวน 30 ช่อง(ด้านหลัง) จากเงินงบประมาณ มิยาซาวาแพลน 450,000 บาท และได้รับงบประมาณจากเงินอุดหนุนเฉพาะกิจ จำนวน 430,000 บาท เปลี่ยนหน้าต่างจากบานไม้เป็นกระจกบานเลื่อนอีก 29 บาน(ด้านหน้า) พร้อมประตูบานสวิงเชื่อมอาคารนิพัทธ์ กันยายน – พฤศจิกายน 2542
3. ปรับปรุงซ่อมผนังคานคอดินและทาสีภายนอกและภายในอาคารแบบ 015 จากงบประมาณเงินอุดหนุนเฉพาะกิจ จำนวน 160,000 บาท
4. ปรับถมดินสนามหน้าโรงเรียน ขนาด 45 x 118 x 0.50 เมตร ด้วยความอนุเคราะห์จาก พระครูสมุทรวุฒิคุณ เจ้าอาวาสวัดป้อมแก้ว
ต่อมาได้รับการจัดสรรงบประมาณจากเทศบาลเมืองสมุทรสงคราม และเงินอุดหนุน ในการพัฒนา ปรับปรุง โรงเรียนเทศบาลวัดประทุมคณาวาส (นิพัทธ์หริณสูตร์) ในด้านต่างๆ
